生态旅游是一种高层次的活动，而最近国家环保总局的一份调查报告表明：在开展生态旅游的自然保护区内，有两成以上的环境已遭到严重破坏。
事与愿违，在1999年初，国家旅游局、国家环保总局和国家林业局、中国科学院联合推出“’99生态环境游”时，其初衷深受旅游爱好者和环保人士的赞同。但在经历了将近一年的生态旅游项目的开发以后，一些地方开展生态旅游变了样———他们把赢利作为主要目的，无节制、无目的地进行乱建乱造。如一些部门打出“推动生态旅游的发展”的旗号，荒谬地组织“悬赏捉拿野人”的活动等等。而那些在自然保护区中修建公路、在自然景观中滥建人造景观的现象更是屡见不鲜、屡禁不止。针对这种情况，国家环保总局的崔书红博士表示：生态旅游应在政府宏观调控下发展，千万不能放任自流。维护自然资源的可持续发展，是生态旅游的发展必然。因此，规范目前放任自流的生态旅游市场更是势在必行。
